Из потомственных дворян Рязанской губернии. Хотя семейство Муратовых, как и многие другие дворянские семьи того времени, испытывало серьёзные материальные трудности, образование юноша получил в элитном юридическом учебном заведении для дворянских детей – Императорском училище правоведения в Санкт-Петербурге, являвшемся по существу кузницей российских губернаторов. Своё назначение губернатором в Тамбов Муратов воспринял восторженно. Он вступил в эту должность осенью 1906 года, в самый разгар первой русской революции, когда революционная активность в провинции достигла своего наивысшего пика. Правительство в лице премьер-министра П. Столыпина остро нуждалось тогда в государственном деятеле - жёстком и непреклонном, способном потушить пожар революционных страстей и восстановить в аграрной губернии порядок. Столыпину не пришлось раскаиваться в своём выборе. В лице Муратова он нашёл не только последовательного проводника правительственного курса, но и способного администратора. Человек консервативных, даже реакционных взглядов, он отрицательно относился к либеральным реформам и нововведениям и оставался убеждённым сторонником авторитарной власти в центре и на местах. Он поддерживал самые разные начинания, которые могли принести пользу интересам губернии, способствовать её развитию и преуспеванию. В своей деятельности губернатор опирался на церковь, которую считал естественным союзником светской власти. С главами тамбовской церкви он был в хороших отношениях.
Муратов ввёл в тамбовскую жизнь традицию - ежегодно проводить патриотические праздники в честь героев русско-японской войны, кавалеров ордена Святого Георгия Победоносца. Важное место отводил Муратов спортивным состязаниям, в особенности гимнастике. Губернатор оказывал содействие целому ряду активно работавших общественных организаций – Тамбовской учёной архивной комиссии, военно-историческому обществу, певческому обществу. Яркий оратор и талантливый исследователь русской старины, он был нередким гостем и докладчиком на собраниях научных обществ, выступал с историческими сообщениями в учебных заведениях. Пробовал себя и в писательском жанре: он - автор исторической работы о войне 1812 года. Признанием заслуг Н.П. Муратова перед губернией было присвоение ему звания Почётного гражданина Тамбова и учреждение стипендии его имени в средних учебных заведениях города.
Отозван из Тамбова в мае 1912 года после конфликта с местным дворянством на сословных выборах. В начале 1920-х годов Муратов написал обширные воспоминания, большая часть которых посвящена его деятельности в Тамбове.