Озеро лежит в неглубокой
плоской котловине лесного правобережья Цны в 15 километрах к
северо-востоку от Тамбова в кварталах 60 и 61 Новолядинского
лесничества. Оно имеет грушевидную форму,
вытянуто с северо-востока на юго-запад более чем на километр.
Протяжённость с запада на восток составляет от 250 до 750 метров.
Северная часть котловины более широкая по сравнению с южной.
Береговая линия изрезана слабо. На озере есть острова, которые
представляют из себя сплавины, образовавшиеся из сросшихся корней
растений и торфа.
Озеро Чистое ― неглубокое, с довольно ровным дном, площадью около 35 гектаров. В прибрежной зоне глубина составляет 60 - 100 сантиметров, наибольшая доходит до 2,8 метра. Температура поверхностного слоя воды доходит до 20 -30°, но с глубиной понижается до 19 - 20°. Питание ― за счёт таяния снежного покрова, летних дождей и грунтовых вод.
Чистое ― озеро загадок. Его уровень испытывает значительные колебания (не только по годам, но и по сезонам). Отмечены случаи полного исчезновения воды.
В прошлом вода в озере была чистой, пригодной для питья. Сейчас у берега она малопрозрачная, мягкая, бедна минеральными солями, содержит значительное количество органических веществ. Озеро сильно заросло, заилено и загрязнено.
На прибрежных песчаных всхолмлениях растут вековые сосны, березняки, ландыш, пахучая медуница, ястребинка, кошачья лапка, черника и брусника. Западное побережье в ряде мест заболочено.
В окрестностях можно встретить лося, горностая, рыжую лисицу, енотовидную собаку, ласку, белку, зайцев и куниц. В последние годы тростниковые заросли заселили кабаны и благородные олени. В весенний период в прибрежных зарослях и на островах устраивают гнёзда кряквы, чирки, болотные курочки, кулики, бекасы, коростели-дергачи, соловьи. Изредка озеро посещают дикие гуси.
Озеро Чистое и его окрестности ― уникальный и своеобразный уголок Тамбовского края. К сожалению, процесс заболачивания озера усиливается за счёт выноса в котловину грунтовыми и атмосферными водами солей и окислов железа и алюминия.